Cleavage sites in the family Potyviridae by virus species

The amino acids around the cleavage site (4 before and 1 after) are shown followed by the number of accessions with this sequence.

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Species Acronym P1/
HC-Pro
  HC-Pro/
P3
  P3/
6K1
  6K1/
CI
  CI/
6K2
  6K2/
VPg
  VPg/
NIa-Pro
  NIa-Pro/
NIb
  NIb/
CP
 
BRAMBYVIRUS
Blackberry virus Y BlVY YLQY/S 1 YRVG/G 1 IQFQ/S 1 IIFQ/A 1 IDFQ/S 1 ITFE/A 1 IVPE/G 1 ITFQ/N 1 IDFQ/S 1
 
BYMOVIRUS
Barley mild mosaic virus BaMMV   PILQ/A 9 TILQ/S 9 VELQ/S 9 ITIE/G 10 ATLE/G 10 RNLQ/S 1 TYLQ/S 3
                      RNMQ/S 9 TFLQ/A 10
 
Barley yellow mosaic virus BaYMV   IVLQ/A 16 YGLQ/A 16 IGLQ/A 7 IGLE/G 23 ITLE/A 22 IHMQ/A 16 IWLQ/A 17
          IELQ/A 9     IRFE/A 1        
                  ISFG/A 1        
 
Oat mosaic virus OMV   ISLQ/A 1 YGLQ/A 1 IELQ/A 1 VELE/G 1 VVLE/A 1 IKEQ/A 1 IVLQ/A 5
 
Rice necrosis mosaic virus RNMV                           TYLQ/A 1
 
Wheat spindle streak mosaic virus WSSMV           VELQ/A 1 VELE/G 1 IVLE/A 1 IQTQ/G 1 IELQ/A 6
 
Wheat yellow mosaic virus WYMV   IALQ/A 3 YGLQ/A 3 IELQ/S 3 IDLE/G 4 VMLE/A 4 IQNQ/A 3 IELQ/A 19
  IALQ/G 1 HGLQ/A 1 GELQ/S 1         IQTQ/A 2    
                      IETQ/A 1    
 
IPOMOVIRUS
Cassava brown streak virus CBSV IDLY/S 12 note1   VEVQ/G 14 IERQ/D 3 LESQ/C 7 VEKQ/A 8 VEVQ/V 7 ITVQ/A 7 IDVQ/A2 8
IEMY/S 2 note1   IEVQ/G 1 IERQ/S 3 LEAQ/C 3 VERQ/A 1 VEKQ/V 1 ITVQ/V 3 IEVQ/A2 2
IELY/S 1 note1       IEKQ/D 4     VGRQ/A 1 IEKQ/V 1        
    note1                   VEMQ/V 1        
1, there is no HC-Pro in CBSV
2, this is for the HAM1/CP site; there is an additional NIb/HAM1 site: VDTQ/T (13 sequences), VDTQ/I (1 sequence) and IDLQ/V (3 sequence)
 
Cucumber vein yellowing virus CVYV IRNY/T1 1 IDFY/C2 1 VEIQ/G 1 IELQ/G 1 LESQ/G 1 VEIQ/G 1 VEVQ/V 1 VHLQ/V 1 VELQ/A 3
1, P1a/P1b; 2, P1b/P3
 
Squash vein yellowing virus SqVYV IDEY/S1 1 IDLY/S2 1 IELQ/G 1 VELQ/S 1 LESQ/S 1 IELQ/G 1 IELQ/V 1 IEVQ/G 1 IELQ/A 2
1, P1a/P1b; 2, P1b/P3
 
Sweet potato mild mottle virus SPMMV IQFY/A 13 YKVG/G 14 VEQH/G 14 IESH/A 14 LESQ/S 1 IEQH/G 1 VDSH/V 1 VESH/G 1 VEPH/A 29
MQFY/A 1                                
 
MACLURAVIRUS
Alpinia mosaic virus AlpMV                                 QHFQ/M 1
 
Cardamom mosaic virus CdMV                 MQLQ/M 1 EILE/M 1 QTLE/I 1 RKIQ/G 1 QQFQ/M 6
 
Chinese yam necrotic mosaic virus ChYNMV                                 ISLQ/M 1
 
Maclura mosaic virus MacMV                                 QVLQ/M 1
 
Ranunculus latent virus                                   QELQ/M 1
 
Narcissus latent virus NLV                                 LELQ/M 3
 
Yam chlorotic necrotic mosaic virus                                   INLQ/M 3
                                IDLQ/M 1
 
RYMOVIRUS
Agropyron mosaic virus AgMV IQHF/S 1 YNVG/G 1 VEHQ/A 1 VYHQ/S 1 VEHQ/S 1 VTFE/G 1 VAHE/S 1 VEHQ/H 1 VYHE/A 3
 
Hordeum mosaic virus HoMV IEHF/S 1 YNVG/G 1 VKHQ/A 1 VYHQ/S 1 VEHQ/S 1 VSFE/G 1 VGHE/S 1 VEHQ/H 1 VFHE/A 2
 
Ryegrass mosaic virus RGMV IKHY/S 2 YNVG/G 2 VTHQ/A 2 VTHQ/S 2 VHHQ/S 2 VHLE/G 2 VQHE/S 2 VSHQ/S 2 VVHE/A 12
 
TRITIMOVIRUS
Brome streak mosaic virus BrSMV IEYY/S 1 YEIG/G 1 VVFQ/S 1 SIYQ/S 1 VMYQ/K 1 AKFE/G 1 AVFE/S 1 VGFQ/N 2 CKFE/S 3
 
Oat necrotic mottle virus ONMV LRWY/S 1 YKIG/G 1 VEYQ/S 1 CEYQ/S 1 VSYQ/A 1 VKYE/G 1 SLYE/G 1 VNWQ/S 1 CVYE/S 3
 
Wheat Eqlid mosaic virus WEqMV IQLY/G 1 YKIG/G 1 VEYQ/A 1 CEFQ/A 1 VMYQ/S 1 VRYE/G 1 AQFE/S 1 VQWQ/S 1 CEWE/S 1
 
Wheat streak mosaic virus WSMV LRWY/C 1 YKIG/G 15 VEYQ/G 15 CEYQ/S 15 VSYQ/A 15 VKFE/G 15 STFE/G 14 VSWQ/S 15 CVYE/S 84
LRWY/G 12                     SLFE/G 1        
FRWY/G 2                                
 
Yellow oat-grass mosaic virus                                   CVFE/A 1
 
UNASSIGNED POTYVIRIDAE
Spartina mottle virus SpMoV                                 LHLQ/A 1
                                FQLQ/A 1
 
Bermuda grass mosaic virus                                   LQLQ/A 2
                                LELQ/A 1
 
Sugarcane streak mosaic virus SStMV IVFY/T 1 YRIG/G 1 LIHH/A 1 LVFH/A 1 LIYH/G 2 LIMH/A 2 IVMH/A 2 LIFH/G 2 LIYH/A 41
                                LVFH/A 1
 
Tomato mild mottle virus TMMoV                                 ELSQ/E 2
 
Triticum mosaic virus   LTYY/S 2 YRIG/G 2 YVLH/A 2 FVFH/A 2 LVFH/G 2 YVMH/G 2 YVPH/S 2 FIFH/N 2 FVFH/S 2
 
POTYVIRUS
Maize dwarf mosaic virus MDMV IEHY/A 2 YAVG/G 2 VIHE/G 2 VTHQ/S 2 VIHQ/G 2 VKHE/A 1 VEHE/A 2 VTEQ/G 2 VKHQ/A 77
                    VKFE/G 1         VRHQ/A 2
 
Sorghum mosaic virus SrMV IDHF/S 2 YVVG/G 3 VIHE/A 3 VTHQ/S 2 VIHQ/G 3 VCHQ/G 3 VEHE/S 2 VTEQ/G 3 VFHQ/A 25
ITHF/S 1         VAHQ/S 1         VEHE/A 1     VRHQ/A 16
                                VYHQ/A 1
 
Sugarcane mosaic virus SCMV IEHY/A 13 YIVG/G 12 VIHE/G 13 VTQQ/S 9 VIHQ/G 14 VSHQ/G 11 VAHE/S 12 VEEQ/C 26 VFHQ/S 53
    YLVG/G 1     VVQQ/S 3     VAHQ/G 1     VEEQ/R 1 VFHQ/A 60
                    VLHQ/G 1         VIHQ/S 19
                                VVHQ/A 9
                                VYHQ/A 1
 
Johnsongrass mosaic virus JGMV ICHY/S 1 YIVG/G 1 VEHE/R 1 VKHE/G 1 VIHE/N 1 VEHE/G 1 VEHE/G 1 ISNE/S 1 VEHQ/S 4
                                VKHQ/S 1
 
Zea mosaic virus ZeMV                                 VVHQ/S 1
                                VIHQ/S 1
 
Pennisetum mosaic virus PenMV INHY/A 1 YIVG/G 2 VIHE/H 2 VVHQ/S 2 VIHQ/G 2 VTHQ/G 2 VTHE/A 2 VQEQ/G 1 VYHQ/S 3
IDHY/A 1                         VMEQ/G 1    
 
Canna yellow streak virus CYSV IDHY/A 1 YVVG/G 1 VEHQ/K 1 VEHQ/G 1 VIHE/T 1 VEHQ/A 1 VEHE/G 1 ENMH/N 1 VEHQ/A 3
 
Cocksfoot streak virus CSV MVEY/S 2 YQVG/G 2 VKHQ/A 2 VHHQ/M 2 VQHQ/T 2 VHHQ/G 2 VDHE/T 2 VSMQ/S 2 VSHQ/A 2
 
Delphinium vein clearing virus                                   VYHQ/G 1
 
East Asian passiflora virus EAPV VVHY/S 1 YKVG/G 1 VSCQ/A 1 VKIQ/S 1 VQLQ/S 1 VSTQ/G 1 VELE/S 1 VQSQ/R 1 VSLQ/T 2
                                VSLQ/S 1
 
Bean common mosaic necrosis virus BCMNV IEHY/T 4 YRVG/G 4 VDTQ/A 3 VRPQ/S 4 VRLQ/G 4 VSTQ/G 4 VELE/S 4 VSVQ/S 5 VSTQ/S 9
        GDTQ/A 1                     VSLQ/S 4
 
Soybean mosaic virus SMV IQHY/S 48 YRVG/G 48 VSAQ/A 29 VKVQ/S 48 VQLQ/S 52 VSTQ/G 48 VEME/S 50 VTVQ/G 51 VSLQ/S 93
IVQF/S 1 CRVG/G 3 VSAQ/V 18 VRAQ/S 3     VPTQ/G 1 VEIE/S 2 VAVQ/S 2 VALQ/S 1
IIQF/S 2     VSVQ/V 1         VTTQ/G 3            
        VSVQ/T 1                        
        VSVQ/A 2                        
 
Calla lily latent virus   IVQF/S 3 YRVG/G 3 VSVQ/V 3 VKVQ/S 3 FLMQ/C 2 VTTQ/G 2 VEME/S 3 VAVQ/S 3 VSLQ/S 3
                VQLQ/S 1 SRKE/R 1            
 
Watermelon mosaic virus WMV IQHY/S 18 YRVG/G 18 VSAQ/A 16 VKVQ/S 17 VQLQ/S 18 VTTQ/G 18 VEVE/S 17 VAVQ/S 19 VSLQ/S 186
        VFAQ/A 2 VKVQ/G 1         VEVE/I 1     VYLQ/S 1
                                ASLQ/S 1
                                VSLR/S 1
 
Fritillary virus Y FVY IHHY/S 1 YRVG/G 1 ESTQ/S 1 VMIQ/S 1 VQLQ/S 1 VTTQ/G 1 VDLE/S 1 VAVQ/S 1 VSLQ/S 1
 
Wisteria vein mosaic virus WVMV IQHY/S 1 YRVG/G 1 VSMQ/A 1 VKAQ/S 1 VQLQ/S 1 VSTQ/G 1 VEVE/S 1 VSVQ/S 1 VSLQ/S 5
 
Bean common mosaic virus BCMV IHHY/S 11 YRVG/G 12 VSVQ/A 11 VQMQ/S 3 VRLQ/G 6 VTTQ/G 8 VAVE/S 9 VATQ/S 8 VHLQ/S 97
            VQIQ/S 7 VRLQ/S 5 VATQ/G 3 VDIE/S 1 VETQ/S 3    
            VQVQ/S 1         VTTE/S 1 VKTQ/S 1    
                            LATQ/I 1    
 
Telosma mosaic virus   VHHY/S 1 YRVG/G 1 VTTQ/G 1 VRAQ/S 1 VRLQ/S 1 VSTQ/G 1 VTTE/S 1 VKTQ/S 1 VSLQ/S 1
 
Cowpea aphid-borne mosaic virus CABMV VQHY/S 1 YKVG/G 1 GRHQ/A 1 VRVQ/G 1 VCLQ/S 1 VTTQ/G 1 VGVE/S 1 GCTQ/S 1 VVLQ/S 9
                                VMLQ/S 4
                                VRIQ/S 3
 
Zucchini yellow mosaic virus ZYMV VDHY/S 18 YRVG/G 20 VATQ/A 14 VRLQ/G 19 VVLQ/S 19 VRVE/S 21 VELE/S 19 VETQ/S 20 VMLQ/S 302
VDHS/S 1     VTPQ/A 1 VRFQ/G 1 VMLQ/S 2             VILQ/S 5
VEHY/S 1     VSTQ/A 6                     VKLQ/S 3
VLFY/S 1     VTAQ/A 1                     VTLQ/S 10
                                VVLQ/S 4
 
Ceratobium mosaic virus CerMV                                 VSLQ/S 5
 
Ammi majus latent virus CerMV                                 VSLQ/S 1
 
Florida passionflower potyvirus                                   VSLQ/S 3
 
Clitoria virus Y ClVY                                 VSLQ/F 1
 
Diuris virus Y DiVY                                 VSLQ/S 1
 
Sirato 1 virus Y                                   VSLQ/S 1
 
Sirato 2 virus Y                                   VSLQ/S 1
 
Kennedya virus Y KVY                                 VSPQ/S 1
 
Eustrephus virus Y                                   VRMQ/S 1
 
Cucurbit virus Y                                   VVLQ/S 1
 
Hibbertia virus Y HiVY                                 VSLQ/S 2
 
Rhopalanthe virus Y RhVY                                 VVLQ/G 1
 
Calanthe mild mosaic virus CalMMV                                 VTLQ/G 1
 
Sarcochilus virus Y SarVY                                 VRMQ/A 1
 
Dasheen mosaic virus DsMV IVQY/A 1 YRVG/G 1 VEVQ/A 1 VRIQ/S 1 VQFQ/N 1 VTAQ/G 1 VAME/G 1 VQLQ/G 2 VVLQ/A 12
                                VVFQ/A 1
                                VTMQ/A 1
                                VVMQ/A 1
                                AVLQ/A 1
 
Vanilla mosaic virus VanMV                 VQFQ/S 1 VVTQ/G 1 VAME/G 1     VTMQ/A 2
                                VIMQ/V 1
 
Alstroemeria mosaic virus AlMV                                 VHHQ/V 2
 
Passion fruit woodiness virus PWV                                 VSLQ/S 1
 
Basella rugose mosaic virus (= Peace lily mosaic virus)   IHHY/S 3 YKVG/G 3 VAHQ/S 2 VRYQ/S 2 VQYQ/D 3 VEFQ/G 3 VASE/G 1 VSEQ/S 3 VVYQ/S 4
        VVHQ/S 1 VRHQ/S 1         VAPE/G 2        
 
Banana bract mosaic virus BBrMV IDHY/S 1 YLVG/G 1 VNFQ/S 1 VGFQ/N 1 VEFQ/N 1 VAFE/G 1 VEFE/G 1 VEFQ/H 1 VEFQ/S 5
 
Beet mosaic virus BtMV TMHY/S 3 YRVG/G 3 VEYQ/A 3 VKYQ/S 3 VQYQ/S 3 VQYQ/G 3 VREE/G 3 VVEQ/G 3 VTYQ/G 6
 
Peanut mottle virus PeMoV IHQY/S 1 YVVG/G 1 VVYQ/A 1 VRYQ/S 1 VQYQ/S 1 VRYQ/G 1 VATE/G 1 VEYQ/S 1 VRYQ/S 3
 
Ranunculus mosaic virus                                   VTFQ/G 1
 
Narcissus late season yellows virus NLSYV                                 VYHQ/S 8
 
Catharanthus mosaic virus                                   VYHQ/S 1
 
Chilli ringspot virus                                   VYHQ/A 2
 
Araujia mosaic virus ArjMV                                 VEYQ/A 1
 
Narcissus yellow stripe virus NYSV MKHY/S 1 YLVG/G 1 VTHQ/T 1 VYHQ/S 1 VQHQ/S 1 VHHE/A 1 VNHE/S 1 VYSQ/M 2 VFHQ/S 3
 
Scallion mosaic virus ScaMV IRQF/S 1 YAVG/G 1 VEHQ/S 1 VYHQ/A 1 VHHQ/T 1 VIHE/A 1 VEHE/S 1 VYAQ/M 1 VYHQ/A 1
 
Turnip mosaic virus TuMV IVHF/S 73 YRVG/G 122 VVHQ/A 114 VYHQ/T 115 VHHQ/N 271 VTHE/A 295 VDHE/S 308 VYAQ/T 123 VYHQ/A 170
IIHF/S 5     VVHQ/V 2 VYHQ/A 9 VNHQ/S 11 VVHE/A 5 VGHE/S 2     VYPQ/A 1
IIHY/S 31     VTHQ/A 4 VHHQ/T 2 VHHQ/S 33 VIHE/A 11            
ILHY/S 1     VAHQ/A 1         VAHE/A 3            
IVHY/S 9     VGHQ/A 1                        
IEHF/S 1                                
ITHF/S 2                                
ITHY/S 1                                
 
Hyacinth mosaic virus HyaMV                                 VRHQ/S 3
                                VRHQ/P 1
 
Tobacco vein banding mosaic virus TVBMV IEHY/S 2 YRVG/G 2 VEHQ/A 2 VIHQ/S 2 VVHQ/S 2 VEHQ/G 2 VDHE/A 2 VEEQ/S 2 VVHQ/G 15
                                VVHQ/N 3
                                VVHH/G 1
 
Ranunculus mild mosaic virus RanMMV                                 VFHQ/A 3
 
Christmas bell potyvirus   LRQY/S 1 YRVG/G 1 VGHQ/D 1 VGHQ/S 1 VRHQ/S 1 VQHQ/G 1 VGHE/A 1 VECQ/A 1 VYHQ/S 1
 
Veltheimia virus Y                                   VRYQ/A 1
 
Japanese yam mosaic virus JYMV ITHY/S 4 YLIG/G 2 VVHQ/A 2 VYHQ/A 1 VYHQ/S 2 VYHE/A 1 VQHE/S 2 VRQQ/M 2 VYHQ/S 8
IIHY/S 1         VYHQ/G 1     VHHE/A 1         VFHQ/S 1
IVHF/A 1                                
IKHY/A 1                                
IVHY/S 1                                
IVRF/A 1                                
 
Sweet potato feathery mottle virus SPFMV ITQF/S 7 YIVG/G 7 VEHQ/G 5 VYHQ/S 5 VLHQ/T 5 VQHQ/G 1 VGHE/S 5 VYAQ/T 5 VYHQ/S 119
IIQY/S 3 YLVG/G 3             VLHQ/G 3     VYAQ/A 2 VFHQ/S 1
IEQF/S 3                 VTHQ/G 1         VHHQ/S 2
 
Sweet potato virus G SPVG                                 VHHQ/S 6
 
Sweet potato virus 2 SPV-2                                 VYHQ/S 17
 
Sweet potato latent virus SPLV                                 VHHQ/A 1
 
Plum pox virus PPV IVHY/S 23 YLVG/G 69 VVHQ/S 99 VHHQ/S 98 VHHQ/T 46 VVHQ/G 39 VDHE/S 43 VYTQ/S 37 VIHQ/A 85
IIHY/S 36     VLHQ/S 1 VHHQ/N 4 VQHQ/T 1 VIHQ/G 5 VGHE/S 4 VYNQ/S 7 VVHQ/A 87
LVHY/S 2     VVHQ/N 3 VQHQ/S 1     VAHQ/G 2     VYNQ/A 3 VVHQ/V 2
LCHY/S 1     VVHQ/A 1 VRHQ/S 1     AVHQ/G 1     VYNQ/S 1 LWHQ/A 1
                            VHTQ/S 1 VTHQ/A 2
                                VMHQ/A 1
                                VAHQ/A 1
 
Lettuce mosaic virus LMV MVQY/S 4 YRVG/G 4 VEHQ/A 5 VRHQ/S 5 IYHQ/S 4 VRHQ/G 3 VKHE/S 4 VQFQ/S 4 VYHQ/V 25
                    IRHQ/G 1            
 
Twisted-stalk chlorotic streak virus                                   VEFQ/D 8
 
Yam mosaic virus YMV MRQF/S 1 YQVG/G 1 VEHQ/S 1 VSHQ/S 1 VHHQ/S 1 VKHQ/G 1 ATHE/G 1 VKAQ/G 1 VSHQ/A 32
 
Potato virus V PVV MVQF/S 2 YRVG/G 1 VVHQ/A 1 VRHQ/S 1 VHHQ/S 1 VVHQ/G 1 VVHE/A 1 VREQ/A 1 VRHQ/A 7
                                GRHQ/A 4
                                CRHQ/A 1
 
Wild potato mosaic virus WPMV MIQY/S 1 YRVG/G 1 VVHQ/D 1 VRHQ/S 1 VHHQ/S 1 VTHQ/G 1 VAHE/A 1 VREQ/G 1 VRHR/A 1
 
Peru tomato mosaic virus PTV MIQF/S 1 YRVG/G 1 VKHQ/D 4 VRHQ/S 4 VHHQ/P 1 VEHQ/G 2 VVHE/A 2 VHEQ/G 2 VYHQ/A 3
MVQF/S 3 YQVG/G 1         VHHQ/S 1         VREQ/G 1    
 
Ecuadorian rocoto virus                               VREQ/G 1 VSHQ/S 1
 
Pepper mottle virus PepMoV MEQY/S 19 YRVG/G 19 VVHQ/R 1 VRHQ/S 19 VHHQ/S 19 VSHQ/G 19 VKHE/A 19 VREQ/A 19 VRHQ/S 2
        VTHQ/R 1                     VHHQ/S 17
        VIHQ/R 17                     VHHQ/A 1
                                VVHH/S 1
 
Verbena virus Y VerVY MQQF/S 1 YRMG/G 1 VEHQ/K 1 VHHQ/S 1 VHHQ/S 1 VSHQ/G 1 VEHE/S 1 VQEQ/G 1 VSHQ/A 1
 
Pepper severe mosaic virus PepSMV MTHF/S 1 YRVG/G 1 VSHQ/K 1 VRHQ/S 1 VHHQ/K 1 VSHQ/G 1 VVHE/A 1 VREQ/A 1 VYHQ/A 2
 
Pepper veinal mottle virus PVMV IQHY/S 2 YRVG/G 2 VKHQ/A 2 VNHQ/S 2 VMYQ/S 2 VSHQ/A 2 VEHE/A 2 VQEQ/G 2 VLHQ/A 6
 
Pepper yellow mosaic virus PepYMV MQHF/S 1 YRVG/G 1 VEHQ/K 1 VRHQ/S 1 VHHQ/S 1 VHHQ/G 1 VEHE/A 1 VREQ/G 1 VRHQ/A 2
                        VVHE/S 1        
 
Amaranthus leaf mottle virus AmLMV                                 VHHQ/A 2
 
Alternanthera latent virus                                   VHHQ/S 1
 
Potato virus Y PVY MVQF/S 100 YRVG/G 85 VRHQ/R 68 VRHQ/S 65 VHHQ/A 62 VSHQ/G 67 VEHE/A 70 VVEQ/A 63 VHHQ/A 44
MIQF/S 25 YRIG/G 1     VKHQ/S 3 VHHQ/V 8 VQHQ/G 1 VAHE/A 1 VLQQ/A 1 VHHQ/G 66
                VHHQ/S 2 VHHQ/G 3 VEHE/G 1 VVEQ/V 4 VYHQ/A 35
                    VTHQ/G 1     VVEQ/P 1 VHHQ/V 2
                            VIEQ/A 1 VYHQ/G 1
                            VTEQ/A 1    
 
Sunflower chlorotic mottle virus SCMoV MAQF/S 2 YRVG/G 2 VKHQ/K 2 VRHQ/S 2 VVHQ/S 2 YSHQ/G 2 VEHE/S 2 YREQ/S 2 VHHQ/G 4
 
Bidens mosaic virus BiMV                                 VHHQ/V 2
 
Bidens mottle virus BiMoV MTHF/S 6 YRVG/G 6 VSHQ/G 6 VRHQ/S 6 VHHQ/S 6 VRHQ/G 6 ASHE/S 6 VREQ/G 6 VHHQ/A 11
 
Pfaffia mosaic virus PfMV                                 VYHQ/A 1
 
Potato virus A PVA THHY/S 8 YRVG/G 8 VLFQ/A 8 VQFQ/S 8 VQFQ/S 10 VAFQ/G 9 VEFE/S 10 VYTQ/G 8 VYFQ/A 39
                    ISFQ/G 1     VHTQ/G 1 VYFQ/S 1
                                GYFQ/A 1
 
Sunflower mosaic virus SuMV                             IYAQ/H 1 LYFQ/G 1
 
Butterfly flower mosaic virus BFMV                                 LYFQ/G 2
 
Tobacco vein mottling virus TVMV ATHF/S 2 YKVG/G 1 VEFQ/A 2 VRFQ/S 2 VRFQ/S 2 VKFQ/G 1 VAFE/S 1 VRTQ/G 2 VRFQ/S 2
    YRVG/G 1             VRFQ/G 1 VSFE/S 1        
 
Meadow saffron breaking virus                                   VDFQ/S 1
 
Tobacco etch virus TEV MTHY/S 5 YNVG/G 5 LVEQ/A 4 IYTQ/S 5 IYLQ/S 5 VYFQ/G 5 LTFE/G 6 VYSQ/G 5 LYFQ/S 7
        LIEQ/A 1                     LYFQ/G 1
 
Chilli veinal mottle virus ChiVMV INHY/S 1 YRVG/G 4 VDHQ/A 4 VNHQ/S 4 VMHQ/S 4 VDHQ/A 1 VEHE/A 4 VREQ/A 1 VAHQ/A 19
LKHY/S 2                 VNHQ/A 3     VSEQ/A 3 VAHQ/S 26
LRHY/S 1                             VTHQ/S 16
                                VIHQ/S 4
                                VLHQ/S 1
                                VTHQ/A 1
 
Wild tomato mosaic virus   MVHF/S 1 YCVG/G 1 VQHQ/A 1 VNHQ/S 1 VMHQ/S 1 VDHQ/A 1 VEHE/A 1 VQEQ/S 1 VRHQ/S 1
 
Ornithogalum mosaic virus OrMV                             VYEQ/G 1 VHHQ/A 4
                                VLHQ/A 1
                                VCHQ/A 1
                                VMHQ/A 1
                                VQHQ/A 2
                                VSHQ/A 6
                                VWHQ/A 7
 
Ornithogalum stripe mosaic virus                                   VYHQ/T 4
 
Ornithogalum necrotic mosaic virus                                   VMFQ/S 1
 
Vallota mosaic virus ValMV                                 VYHQ/A 3
 
Colombian datura virus CDV                                 IYLQ/A 17
 
Zucchini yellow fleck virus                                   VYHQ/S 4
 
Papaya ringspot virus PRSV MDQY/N 7 YIVG/G 20 VIHQ/A 21 VYHQ/S 21 VYHQ/S 17 VFHQ/G 19 VHHE/G 18 VFEQ/S 20 VFHQ/S 103
MEQY/N 12 LHCG/G 1         VYHQ/G 2 AFHQ/G 1 VYHE/G 1 AFEQ/S 1 VYHQ/S 17
MEQY/S 1             VFHQ/S 1     VLHE/G 1     VFHQ/L 2
 
Algerian watermelon mosaic virus   IIHY/S 1 YLVG/G 1 VAHQ/A 1 VYHQ/S 1 VYHQ/G 1 VYHQ/G 1 VVHE/G 1 VYEQ/G 1 VYHQ/A 1
 
Papaya leaf distortion mosaic virus PLDMV MTHY/S 2 YLVG/G 2 VDHQ/A 1 VAHQ/S 2 VTHQ/S 2 VHHE/G 2 VSFE/G 2 VCAQ/S 2 VSHQ/S 7
        VGHQ/A 1                        
 
Daphne virus Y DVY MHHY/S 1 YRVG/G 1 TEYE/S 1 VQYQ/S 1 VMYQ/G 1 VEYQ/G 1 VEYE/G 1 VIEQ/G 1 VCYQ/A 1
 
Ranunculus leaf distortion virus                                   FCFQ/S 1
 
Bean yellow mosaic virus BYMV IREF/S 13 YRVG/G 15 YVFQ/A 2 YRFQ/S 11 LQFE/S 14 FIFQ/G 2 FDFE/S 14 LSFQ/S 13 CRFQ/S 30
    FRVG/G 1 YTFQ/A 11 YRFQ/L 1     FTFQ/G 2 FGFE/S 1 LGFQ/S 1 CCFQ/S 8
            YKFQ/S 1     FVFQ/G 11 FEFE/S 1     VFYQ/S 1
                                CRFQ/P 1
                                CKFQ/S 1
                                CSFQ/S 1
 
Clover yellow vein virus ClYVV IREF/S 1 YRVG/G 1 FVME/S 1 YKFQ/S 1 LQFE/S 1 FKFQ/G 1 AEFE/S 1 CSFQ/A 1 FVFQ/S 8
 
Thunberg fritillary mosaic virus TFMV IKEF/S 2 YRVG/G 2 YIFQ/A 2 MKFQ/S 2 LHFQ/S 2 YSFQ/A 2 IVFE/S 1 WNFQ/A 2 FCFQ/A 3
                        LVFE/S 1        
 
Ipomoea vein mosaic virus                                   VYHQ/S 2
 
Amazon lily mosaic virus ALiMV                                 VYHQ/S 1
 
Lily mottle virus LMoV MIHY/S 3 YQVG/G 3 VQFQ/A 3 VKFQ/S 3 VQFQ/T 3 VKFQ/A 3 VEFE/N 5 VGLQ/S 3 VAFQ/A 14
 
Leek yellow stripe virus LYSV LEHY/S 3 YRVG/G 4 MEFQ/A 4 MTLQ/S 3 MMYE/S 3 MNYQ/G 3 FEFE/G 4 WEFQ/S 7 FEYQ/A 15
LEYF/S 1         MLHQ/S 1 MMYQ/S 1 MDYQ/G 1         FGYQ/A 1
                                FVFQ/A 14
 
Pea seed-borne mosaic virus PSbMV IDHF/S 3 YRVG/G 4 FSIQ/A 3 VRCQ/S 2 VRCQ/S 3 VKLE/G 3 VRTE/A 3 VRTQ/S 3 VRLQ/A 17
INHF/S 1     FSLQ/A 1 VRCQ/N 1                    
 
Apium virus Y ApVY                                 VYHQ/G 8
 
Carrot virus Y CarVY                             VYNQ/S 1 VFHQ/G 3
 
Celery mosaic virus CeMV                                 VFHQ/G 7
 
Celery yellow mosaic virus CeYMV                                 VYHQ/G 1
 
Angelica virus Y                                   VYHQ/G 2
 
Spiranthes mosaic virus 3 SpMV3                                 ITLQ/S 7
 
Freesia mosaic virus (Spiranthes mosaic virus 2) FreMV ITQY/S 1 YNVG/G 1 YTYQ/G 1 YKYQ/S 1 YQYQ/D 1 YRYQ/G 1 YRTE/H 1 AMYQ/H 1 VRYQ/A 5
 
Onion yellow dwarf virus OYDV IEHY/S 3 YNVG/G 3 VVYQ/A 1 VQYQ/A 3 VNYQ/S 3 VRYQ/A 1 VSFE/A 3 VTFQ/S 3 VRYQ/A 30
        VFYQ/A 2         VTYQ/A 2         VHYQ/A 1
                                VYYQ/A 1
 
Shallot yellow stripe virus SYSV VDHY/S 2 YNVG/G 2 VEYQ/A 2 VHYQ/A 2 VEYQ/T 2 VHYQ/A 2 VAYE/A 2 VAFQ/A 3 VSYQ/A 17
                        VSYE/A 1     VSYQ/V 1
 
Carnation vein mottle virus CVMoV                                 VHFQ/G 1
 
Chinese artichoke mosaic virus CAMV                                 VYHQ/A 1
                                VHHQ/A 1
 
Henbane mosaic virus HMV                                 VYHQ/A 1
 
Cypripedium virus Y CypVY                                 VFHQ/S 1
                                VYHQ/S 1
 
Vanilla distortion mosaic virus                                   VYHQ/G 3
                                VYPQ/G 2
 
Hippeastrum mosaic virus HiMV                                 CIFQ/A 2
                                CVFQ/S 3
 
Endive necrotic mosaic virus ENMV                                 VKHQ/G 1
 
Iris severe mosaic virus ISMV                                 VHFE/G 2
                                VRFE/G 1
 
Lycoris mild mottle virus LyMMoV                                 FTFQ/A 1
 
Moroccan watermelon mosaic virus MWMV MVHY/S 1 YMVG/G 1 VVHQ/A 1 VYHQ/S 1 VYHQ/E 1 VHYQ/G 1 VTHE/G 1 VYEQ/N 1 VYHQ/A 12
                                VYHQ/S 1
 
Ornithogalum virus 2 OrV2                                 VYHQ/A 2
                                VYHQ/T 6
 
Ornithogalum virus 3 OrV3                                 VMFQ/S 6
 
Veltheimia mosaic virus                                   VMFQ/S 2
                                VRHQ/S 1
 
Pleione virus Y PlVY                                 VFHQ/S 1
 
Omphalodes virus Y                                   VFHQ/A 1
 
Tuberose mild mosaic virus TuMMV                                 VHHQ/S 3
 
Tuberose mild mottle virus TuMMoV                 VHHE/S 1 VHHQ/G 1 VEHE/S 1 VHEQ/G 1 VHHQ/S 1
 
Narcissus degeneration virus NDV IKYY/S 1 YAVG/G 1 VKFQ/Y 1 VQFQ/S 1 VQFQ/N 1 VQFQ/G 1 VDFE/N 1 VGMQ/S 1 VSFQ/S 6
 
Watermelon leaf mottle virus WLMV                                 VHFQ/S 1
 
Yam mild mosaic virus YMMV                                 VVHQ/A 37
                                VIHQ/A 2
 
Carrot thin leaf virus CTLV                                 VYHQ/E 1
 
Euphorbia ringspot virus EuRSV                                 VRHQ/S 1
 
Tulip breaking virus TBV                                 VQFQ/A 1
 
Konjac mosaic virus KoMV MKQF/A 1 YLVG/G 1 VEHQ/H 1 VRHQ/G 1 VLHQ/S 1 VVHQ/A 1 IAHE/G 1 VYAQ/S 1 VYHQ/S 1
                                VYHQ/N 1
Zantedeschia mosaic virus (probably isolates of Konjac mosaic virus) ZaMV                                 VYHQ/S 9
                                VYHQ/S 1
                                VFHQ/S 1
                                VYHQ/N 4
 
Zantedeschia mild mosaic virus   IHHY/S 1 YRVG/G 1 VSTQ/A 1 VRVQ/S 1 VHLQ/S 1 VTTQ/G 1 VNLE/S 1 VYTQ/S 1 VVLQ/A 3
                                VILQ/A 3
 
Impatiens flower break virus           VATQ/S 1 VQTQ/S 1 VQLQ/S 1 VTTQ/G 1 VVVE/S 1 VAMQ/S 1 VYLQ/S 1
 
Tradescantia mild mosaic virus                                   VYFQ/S 2
 
Malaysia Passiflora virus                                   VSLQ/S 1
 
Large-leaved lupin mosaic virus                               VNSQ/S 1 VYHQ/S 1
 
Kalanchoe mosaic virus KMV                                 VYHQ/S 3
 
Ornamental onion stripe mosaic virus                                   VVHQ/G 1
 
Gloriosa stripe mosaic virus                                   VHHQ/S 2
                                VYHQ/S 1
 
Muscari mosaic virus                                   VFHQ/S 1
 
Ornithogalum mosaic virus 4                                   VVYQ/A 1
 
Anemone mosaic virus                                   VAFQ/A 1
 
Stenomesson mosaic virus                                   LCFQ/S 1
 
Taiwan passionfruit virus                                   VSLQ/S 2
 
Arracacha mottle virus                                   VYHQ/G 1
 
Unnamed Tricyrtis potyvirus                                   VYLQ/S 1
 
Nerine yellow stripe virus NeYSV                                 VMFQ/S 2
                                VIFQ/S 1
                                VVFQ/S 1
 
Unnamed Vallota potyvirus 2                                   VAFQ/S 2
 
Panax notoginseng virus Y                                   VIHQ/G 2
 
Iris mild mosaic virus IMMV                                 VEHQ/S 3
 
Malva vein clearing virus                                   VYHQ/A 3
                                VYHQ/M 2
 
Hardenbergia mosaic virus                                   VSLQ/S 1
 
Brugmansia suaveolens mottle virus                                   VRHQ/S 1
 
Begonia flower break virus                                   VLYQ/S 1
 
Jasmine yellow mosaic virus                                   VHFQ/S 1
 
Trillium crinkled leaf virus                                   VIHQ/S 1
                                VTHQ/S 1
 
Triteleia mosaic virus                                   VLFQ/G 1
 
Sunflower mild mosaic virus                                   IHLQ/G 1
 
Snowdrop virus Y                                   VRFQ/M 1
 
Arisaema potyvirus 1                                   VAFQ/D 1
 
Phalaenopsis potyvirus                                   VVYQ/S 1
 
Unnamed Verbena potyvirus                                   VEHQ/S 1


Data prepared by Mike Adams, Rothamsted Research, using all sequences available on July 17th 2010.

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